Czarna Hańcza jest największą rzeką Wigierskiego Parku Narodowego oraz jedną z ważniejszych rzek Suwalszczyzny. Zbiera ona spływy z powierzchni ponad 170 km2 i wnosi do Wigier 1,4 metra sześciennego wody na sekundę. Jej źródła zlokalizowane są w pobliżu jez. Jegliniszki, ujście do Niemna leży na terenie Białorusi. Długość rzeki wynosi prawie 142 km z czego 108 km przebiega na terenie Polski. Przez teren WPN przepływa górno-środkowy, prawie 15 kilometrowy fragment rzeki. Od granicy Parku we wsi Sobolewo do prawie samego ujścia w zatoce Hańczańskiej na 5 kilometrowym odcinku Czarna Hańcza charakteryzuje się dużym spadkiem (średnio 5,6 ‰) – płynie szybko po żwirowo-kamienistym podłożu, silnie meandruje i bardzo przypominając rzekę podgórską. W jej nurcie często zalegają powalone drzewa podkreślające naturalny charakter rzeki. Im bliżej do ujścia do Wigier tym Czarna Hańcza zatacza mniej łuków oraz znacznie się pogłębia – jej nurt przez to staje się wolniejszy. Można tu obserwować różnorodne zbiorowiska roślinne charakterystyczne dla zabagnionych dolin rzecznych. Należy jednak pamiętać, iż schodzenie z wytyczonego do zwiedzania szlaku jest zabronione. Po opuszczeniu jez. Wigry oraz jez. Postaw Czarna Hańcza płynie leniwo, meandrując po licznych zakolach wśród trzcinowisk oraz terenów podmokłych. Miejscami rzeka tworzy szerokie, bagienne rozlewiska będące ostoją ptactwa wodnego – licznie występują tu kaczki krzyżówki oraz czaple. W miejscowości Wysoki Most następuje bardzo wyraźna zmiana charakteru rzeki. Nurt Czarnej Hańczy znacznie przyśpiesza – koryto rzeczne często rozdziela się na wiele odnóg, a tworzące się w ten sposób wysepki porasta roślinność. Na dnie rzeki miejscami zalega gruby żwir, a nawet duże głazy; niektóre z nich wystają ponad powierzchnię wody. W miejscach o spokojniejszym przepływie dno jest pokryte czystym piaskiem. W rzece często występują zatory z powalonych przez wiatr oraz bobry drzew – nurt przegradzają przeważnie potężne świerki oraz drzewa liściaste – olchy i brzozy, które szczelnie porastają brzegi rzeki.