Na Nizinie Mazowieckiej występują głównie szerokie doliny, o łagodnie nachylonych zboczach. Utwory polodowcowe, zalegające tę część, uległy intensywnym procesom denudacyjnym. Sieć wodna regionu jest bogata; występują tu liczne rzeki i jeziora (w części północnej).
Największą rzeką jest Bug z dopływami Narwią i Biebrzą. Rzeki — Czarna Hańcza i Rospuda (malownicze szlaki wodne) — mają dość znaczny spadek, natomiast pozostałe rzeki Pojezierza odznaczają się małym spadkiem, co stworzyło dogodne warunki do budowy kanałów. Kanał Augustowski, zbudowany w 1839 r. łączy poprzez Biebrzę i Czarną Hańczę system Wisły i Niemna.
Jest to nie tylko szlak wodny ułatwiający transport drewna z Puszczy Augustowskiej, ale również interesujący turystów — amatorów sportów wodnych. W części północnej tego regionu występuje ok. 300 jezior. Do największych i najciekawszych należą: Wigry (21,9 km2), Rajgrodzkie (15,2 km2), Seiment Wielki (12,5 km2) oraz Hańcza — najgłębsze jezioro w Polsce (108 m) — które zaliczone zostało do rezerwatów