W okresie panowania króla Zygmunta Augusta obszar miasta Krakowa został powiększony, zbudowano w stylu klasycystycznym Collegium Physicum, obserwatorium astronomiczne oraz pałace. Po rozbiorach w 1809 r.
zapoczątkowano burzenie murów obronnych. Pozostał tylko niewielki ich fragment — brama Floriańska. Na ich miejscu zbudowano planty, otaczające zielonym pierścieniem historyczne śródmieście. Jest to ulubiony teren spacerów i wypoczynku mieszkańców miasta.
Charakter średniowieczno-renesansowy Kraków zaczął zatracać dopiero w okresie wolnego miasta. Nastąpił wówczas okres rozwoju i modernizacji. W architekturze dominować zaczął wystrój klasycystyczny, a w sztuce romantyzm, rozbudzając patriotyzm i kult dla reliktów przeszłości. Okres prosperity miasta trwał jednak krótko. Zabór Austriacki, a następnie pożar zahamowały rozbudowę miasta.
Dopiero od 1867 r. miasto ponownie zaczęło się odradzać i odbudowywać, stając się ośrodkiem kultury, sztuki i literatury. Trzeba przy tym podkreślić, że Kraków w tym czasie, aż do I wojny światowej, reprezentował nie tylko świat naukowy i twórczy, ale był zawsze kolebką ruchów patriotycznych i wolnościowych. Na rynku krakowskim składał przysięgę Tadeusz Kościuszko, a w okresie Wiosny Ludów powstaniem krakowskim kierował Edward Dembowski.