Sahara powstała na ogromnej platformie skał prekambryjskich, które przez ostatnie kilkaset milionów lat zostały przykryte grubą warstwą (3000-5000 m) skał osadowych. Obecnie większą cześć pustyni stanowią obszary wyżynne. Na północy i zachodzie występują nieliczne niziny i depresje. Krajobraz Sahary jest bardzo urozmaicony. Tylko 20-30% pustyni przykrywają piaski (ergi). Większość to skały i kamienie (hamada) oraz płaskie żwirowe powierzchnie (serir). Pustynię rozcinają suche koryta rzek (uedy, czyli wadi) oraz wyschnięte misy jeziorne, które podczas nielicznych opadów szybko i na krótko wypełniają się wodą. Fantazyjnie uformowane przez wiatr „grzyby skalne” stanowią prawdziwą ozdobę pustyni.