Woda na Saharze może występować pod powierzchnią ziemi, w tzw. basenach artezyjskich, lub tam, gdzie zagłębienia terenu sięgają do wód gruntowych. Na południowo-zachodniej granicy Sahary płynie Niger, wschodnią część pustyni przecina Nil. Tylko te dwie większe rzeki płyną przez cały rok. Reszta cieków ma charakter okresowy. Wypełniają się wodą na krótko – jedynie podczas deszczu. Na północy Sahary znajdują się wysychające podczas gorącego lata słone jeziora (szotty). Największym w Afryce okresowo suchym jeziorem jest leżący na Saharze Wielki Szott (Szatt al-Dżarid) o powierzchni 5000 km2.