W obszarze regionu wyróżnić można dwie główne jednostki fizjograficzne: Pojezierze Mazurskie i Nizinę Mazowiecką. Ukształtowanie obszaru powstało na skutek działalności lądolodu skandynawskiego, który kilkakrotnie nasuwał się na tereny Niżu Europejskiego.
W obrębie Pojezierza Mazurskiego, w granicach regionu, wyróżnić można mniejsze jednostki: na zachodzie Pojezierze Ełckie, na wschodzie Pojezierze Suwalskie — atrakcyjne obszary turystyczne — oraz Równinę Augustowską.
Na terenach Niziny Mazowieckiej leżą: Wysoczyzną Kolneńska, Kotlina Biebrzańska, Międzyrzecze Łomżyńskie oraz Wysoczyzną Białostocka i Bielska. Część północna — Pojezierze Suwalskie — charakteryzuje się ciągami moren, jezior i otaczających je lasów.